Rektor je odgovoran za zakonitost rada i efikasno poslovanje Univerziteta. Za svoj rad iz domena akademskih pitanja odgovara Senatu, a iz domena poslovanja Upravnom odboru.
Rektor Univerziteta obavlja sledeće poslove:
- zastupa i predstavlja Univerzitet,
- organizuje i rukovodi radom Univerziteta i odgovoran je za zakonitost rada,
- donosi pojedinačne akte u skladu sa Zakonom i ovim Statutom,
- predlaže prorektore Senatu,
- imenuje i razrješava dekana, na prijedlog naučno- nastavnog vijeća,
- predlaže opšte akte u skladu sa Zakonom i ovim Statutom,
- podnosi Upravnom odboru izvještaj o finansijskom poslovanju Univerziteta,
- brine o realizaciji finansijskog plana Univerziteta,
- predlaže organima Univerziteta mjere za unapređivanje rada,
- predlaže Upravnom odboru mjere za efikasno i zakonito obavljanje djelatnosti Univerziteta,
- predlaže plan rada i razvoja Univerziteta Upravnom odboru,
- predlaže Upravnom odboru pravilnik o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta, po prethodno pribavljenom mišljenju članica Univerziteta,
- izvršava odluke Upravnog odbora i drugih organa Univerziteta,
- odlučuje o pojedninačnim pravima, obavezama i odgovornostima radnika iz radnog odnosa,
- učestvuje u radu Rektorske konferencije Republike Srpske i
- druga pitanja utvrđena Zakonom, ovim Statutom i opštim aktima.
Rektor dio svojih nadležnosti iz domena poslovanja može prenijeti na direktora. Rektor dio svojih nadležnosti iz domena rada administrativne službe Univerziteta može prenijeti na generalnog sekretara i finansijskog direktora. Odluka o prenosu nadležnosti utvrđuje se posebnim aktom, koji propisuje uslove, obim ovlašćenja i ograničenja.