Direktor, zajedno sa rektorom, rukovodi radom Univerziteta, predstavlja i zastupa Univerzitet i odgovara za zakonitost rada i efikasno poslovanje, u domenu nadležnosti utvrđenim osnivačkim aktom i Statutom.
Direktor je nadležan za pitanja iz domena poslovanja koja nisu stavljena u izričitu nadležnost rektora, te za pitanja u domenu akademskih poslova koja nisu stručna, već organizacione i tehničke prirode, a koja su mu prenesena od strane rektora posebnim aktom, koji propisuje uslove, obim ovlašćenja i ograničenja. Direktora imenuje Upravni odbor, uz prethodno pribavljenu saglasnost rektora, a za svoj rad odgovara Upravnom odboru i Senatu. Mandat direktora traje četiri godine, sa mogućnošću ponovnog izbora.
Funkciju direktora obavlja prof. dr Boro Krstić od 2012.